Pipa está inserida em uma área de preservação ambiental. Existe uma grande preocupação por preservar e proteger a Mata Atlântica, uma formação vegetal brasileira, continuação da selva amazônica, que possui uma das maiores biodiversidades do planeta. Atualmente, a Mata Atlântica é uma das florestas tropicais mais ameaçadas, e em Pipa todos estão empenhados em preservá-la a qualquer custo.

A Mata Atlântica acompanhava a costa litorânea brasileira desde o Rio Grande do Sul até o Rio Grande do Norte (regiões sul, sudeste e nordeste). Atualmente está extremamente reduzida. Resta apenas 7% do que costumava existir. É uma das florestas tropicais mais ameaçadas do mundo. No entanto, Pipa é um dos poucos lugares onde se preserva e protege a Mata Atlântica. Um bom exemplo disso é o Santuário Ecológico de Pipa. Trata-se da maior reserva florestal da região, tem trilhas, mirantes e até um museu.

Trata-se de um lugar perfeito e muito especial para entrar em contato com a natureza. A região está qualificada como “área de proteção ambiental” (apa) sob a responsabilidade do Instituto Brasileiro do Meio Ambiente do Rio Grande do Norte (IDEMA-RN). O município também foi eleito para abrigar um dos Projetos pilotos do órgão, o Projeto Orla. Em 1998 a comunidade se organizou e fundou o NEP (Núcleo Ecológico de Pipa) para atuar na região difundindo informação ambiental.